Shinji ainda sofre com a perda de um amigo próximo e se recusa a voltar para a escola. Com isso, Asuka decide tomar a frente e mostrar à NERV que pode ser tão boa piloto quanto o garoto, porém, acaba sendo afetada pelas habilidades de um anjo, comprometendo sua missão. Além de Shinji, Asuka e Rei, mais uma criança entra no cenário dos pilotos de EVA, porém, o novo garoto parece um tanto diferente do normal… especialmente quando o segredo de Rei finalmente vem à tona.